Örgüt; günümüz dünyasında bütün ülkelerde değişik misyon, taraf, lobi, kulüp, din, dil, ırk, azınlık, cemaat, camia veya mezhep adı altında gerek iyi niyetli ve gerekse kötü niyetli menfaat perest kişi veya kişilerin bir araya gelmesiyle oluşturulmuş, genelde tüzel kişiliğe sahip, bir lideri ya da birden çok yöneticisi olan oluşumlardır. Kanuni yollarla kurulmuş Sivil Toplum Kuruluşu, vakıf, dernek, oda, birlik olarak faaliyet gösterenler yanında, gönüllülük esasına dayalı ortak din, dil, ırk, mezhep ve meşrebe bağlı insanların oluşturduğu birçoğu vatansever, yardımsever, bireyler topluluğu olarak faaliyet göstermektedirler. Bütün bu örgütlerde bulunan insanlar devletin her kademesinde, amir, memur, işçi, esnaf gibi halktan bireyler olup, vatanıyla, milletiyle, hükümetiyle hiçbir problemleri yoktur. Ta ki; makam, para veya hedefledikleri idealler noktasında devletin koyduğu kanunlar veya engellemelerle karşılaştıklarında doğru bildikleri kendi düşüncelerini ve faaliyetlerini her yolu mübah sayarak ve belki de bunu kanuni, örfi, kültürel veya dini motiflerle destekleyerek ne pahasına olursa olsun gerçekleştirme yoluna gidebilmektedirler.
Dünya üzerinde devletlerin kurulduğu günden bu güne terör gurupları, faiz ve rant lobileri diyebileceğimiz art niyetli ekonomik çevreler, azınlık psikolojisiyle ortaya çıkmış din, dil, ırk, mezhep temelli oluşumlar kendilerince hak mücadelesi için taraftar toplayarak devletleri içten ve dıştan yıkabilmenin yada ele geçirebilmenin mücadelesini vermişlerdir. Türkiye özelinde ele alındığında
özellikle devrimci sol, komünizm ve aşırı dincilik temeline dayalı, PKK, KCK, DHKP-C, Tikko, Dev-Sol, TKP, Hizbullah, el-Kaide vb. gibi uzantıları dış ülkelere kadar varan sadece Türkiye üzerinde değil bütün Ortadoğu, İslam Coğrafyası ve Avrupa’ya kadar uzanan marjinal guruplar terör örgütleri olarak adlandırılmaktadır.
Ayrıca adına ‘derin devlet’ denen, kendi idealleri doğrultusunda ve kendi istikballeri uğruna ülkenin geleceğini planlayan ve bunu gerçekleştirmek için politikalar üreten bir yapı vardır. Bu yapılanmalarda bir takım güvenlik birimleri ve kamu sıfatına sahip kişiler kendilerine görev ve yetki biçmektedir. Ülkenin geleceğini koruma görevini temellerini Osmanlının son dönemlerinde Mithat Paşa ve Talat Paşanın kurduğu ulusalcılık ile temellerini yine Osmanlının son dönemlerinde Lawrence ve Moiz Kohen’in kurduğu milliyetçilik akımları adına kendilerinde bulurlar. Vatan ve memleketle ilgili olarak kendilerini daha imtiyazlı sayarlar. Kendilerini vatansever görüp bazı eylemler yapmaya adarlar. Bunların hiçbiri yasadaki yetkileri içermez. Anayasadan, yasalardan alınmayan bir yetkinin devlet adına kullanımı "meşru yetki" değildir. Bu kişilerin resmi sıfatları da olabilir. Örneğin yakın geçmişte, Ergenekon, Türk İntikam Tugayı, Hizbullah, Sauna Çetesi vs. gibi örgütlerin darbe girişimleri ve hükümetleri yeniden yapılandırmaya varan gayretleri, asker, yargı, medya, terör, mafya bağlantıları devlet adına görev yaptıklarını iddia eden derin devletin faaliyetlerindendir.
Bunun yanı sıra dinler ve emek savunuculuğu temeline bağlı özellikle zengin iş ve siyaset çevrelerini ele geçirerek kurdukları gizli ve güçlü örgütlerle devletlerin en üst yönetimlerine bile hükmedebilen, Evanjelist Hristiyan oluşumlar ile Sabatayist, Rotaryen ve Masonik Yahudi oluşumlar ve bunlar adına direniş yapan ABD’nin desteğiyle Sırbistan’da Miloseviç’i devirmek için kurulan ve şu anda tüm dünyada temsilcilikleri olan direnişçi OTPOR örgütü, Yahudi asıllı ABD'li finans spekülatörü George SOROS tarafından kurulan devrimci ‘Açık Toplum Enstitüsü’ gibi organizasyonlar dünyanın her ülkesinde hüküm sürmektedirler.
Gerektiğinde aynı idealleri doğrultusunda en çokta ekonomik çıkarları uğruna bütün ülkelerdeki marjinal örgütleri de destekleyerek o ülkelerde yaptıkları ayaklanmalarla, izledikleri iktidar karşıtı provokasyon ve kara propagandalarla istediklerini elde etme yoluna gitmişlerdir. Son dönemde özellikle Arap dünyasında yaşanan Arap Baharı (Irak, Suriye, Libya, Lübnan, Cezayir, Fas, Tunus) organizasyonları, Türkiye’de Gezi olayları, Mısır’da hükümeti devirmeye kadar varan Tahrir meydanı olayları, Arjantin, Brezilya, İspanya ve son olarak Ukrayna ve Almanya’daki yasa dışı örgütlerin gerçekleştirdiği ve sivil inisiyatif gibi gösterilen ayaklanmaların arkasında bu örgütlerin varlığı tespit edilmiştir. Bütün devletler bu tür oluşumların ve yapılanmaların faaliyetlerini takip etme ve tedbir alma adına istihbarat servisleri kurarlar.
MİT (Milli İstihbarat Teşkilatı) Türkiye’de ulusal ve uluslar arası düzeyde faaliyet gösteren, Türkiye Cumhuriyeti'nin bölünmez bütünlüğüne, anayasal düzenine, varlığına, bağımsızlığına, güvenliğine ve millî gücünü meydana getiren bütün unsurlarına karşı içten ve dıştan gelecek mevcut ve muhtemel tehditler hakkında bilgi toplamak, önlem almak ve gerekli durumlarda ilgili makamları uyarmakla görevli teşkilâttır. KDGM (Kamu Düzeni ve Güvenliği Müsteşarlığı) ise terörle mücadele alanında oluşturulacak politika ve stratejiler ile alınacak tedbirlere esas olmak üzere, ilgili birimlerden stratejik istihbaratın alınması ve değerlendirilmesi amacıyla faaliyet göstermektedir. Bütün dünyada olduğu gibi Türkiye’de de ülkenin bekasına kastedecek örgütlerin faaliyetleri, istihbarat teşkilatları aracılığıyla takip ve tespit edilir.
Devletlerin içine virüs gibi yerleşerek devletin temel esaslarından olan demokrasi, hukuk ve cumhuriyet ilkelerini kansere çeviren illegal örgütlerin yok edilmesi için çok hassas ve zaruri tespitler yapıldığı taktirde gerekli tedbirlerle ancak devletler istikbalini koruyup kurtarabilir. Kamuoyunda fişleme olarak bilinen ve demokratik olup olmadığı tartışılan, aslında yukarıda saydığımız devletin bekasına kastetmek isteyen oluşumların yönetici ve üyelerini, faaliyetlerini takip ve tedbir amacına dayalı yapılan tespitler bütün devletlerin istihbarat birimlerince yapılmaktadır ve zaten bunun için kurulmuşlardır. Ancak burada devletin yapması gereken masumane duygularla kandırılmış veya hiçbir illegal faaliyete katılmamış, ayrıca devlete karşı hiçbir art niyet taşımayan kişi ve kişilerin oluşturduğu örgütlerin ayrımını iyi yapmaktır.